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Maureen Miller, Université Columbia
Alors que de plus en plus de personnes dans le monde se font vacciner, on peut presque entendre le soupir collectif de soulagement. Mais la prochaine menace pandémique est probablement déjà en train de se frayer un chemin dans la population.
Mes recherches en tant qu’épidémiologiste des maladies infectieuses ont révélé qu’il existe une stratégie simple pour atténuer les épidémies émergentes : une surveillance proactive en temps réel dans les contextes où la propagation des maladies de l’animal à l’homme est la plus susceptible de se produire.
En d’autres termes, n’attendez pas que les personnes malades se présentent à l’hôpital. Au lieu de cela, surveillez les populations où la maladie se propage réellement.
La stratégie actuelle de prévention de la pandémie
Les professionnels de la santé mondiale savent depuis longtemps que les pandémies alimentées par les retombées de maladies zoonotiques, ou la transmission de maladies d’un animal à l’autre, étaient un problème. En 1947, l’Organisation mondiale de la santé a établi un réseau mondial d’hôpitaux pour détecter les menaces de pandémie grâce à un processus appelé surveillance syndromique. Le processus repose sur des listes de contrôle standardisées des symptômes pour rechercher des signaux de maladies émergentes ou réémergentes à potentiel pandémique parmi les populations de patients présentant des symptômes difficiles à diagnostiquer.
Cette stratégie clinique repose à la fois sur les personnes infectées se rendant dans les hôpitaux sentinelles et sur les autorités médicales suffisamment influentes et persistantes pour tirer la sonnette d’alarme.
Il n’y a qu’un seul problème : au moment où une personne malade se présente à l’hôpital, une épidémie s’est déjà produite. Dans le cas du SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19, il était probablement répandu bien avant d’être détecté. Cette fois, la stratégie clinique seule nous a échoué.
Le débordement de la maladie zoonotique n’est pas un fait
Une approche plus proactive gagne actuellement en importance dans le monde de la prévention des pandémies : la théorie de l’évolution virale. Cette théorie suggère que les virus animaux deviennent des virus humains dangereux progressivement au fil du temps à cause de fréquentes retombées zoonotiques.
Ce n’est pas un accord unique : un animal « intermédiaire » tel qu’un chat civette, un pangolin ou un cochon peut être amené à muter le virus afin qu’il puisse faire des sauts initiaux aux humains. Mais l’hôte final qui permet à une variante de s’adapter pleinement aux humains peut être les humains eux-mêmes.
La théorie de l’évolution virale se joue en temps réel avec le développement rapide des variantes de COVID-19. En fait, une équipe internationale de scientifiques a proposé qu’une transmission interhumaine non détectée après un saut d’animal à humain soit l’origine probable du SRAS-CoV-2.
Lorsque de nouvelles épidémies de maladies virales zoonotiques comme Ebola ont attiré l’attention du monde pour la première fois dans les années 1970, la recherche sur l’étendue de la transmission de la maladie s’est appuyée sur des tests d’anticorps, des tests sanguins pour identifier les personnes qui ont déjà été infectées. La surveillance des anticorps, également appelée enquête sérologique, teste des échantillons de sang provenant de populations cibles pour identifier le nombre de personnes infectées. Les enquêtes sérologiques aident à déterminer si des maladies comme Ebola circulent sans être détectées.
Il s’avère qu’ils étaient : des anticorps Ebola ont été trouvés chez plus de 5% des personnes testées au Libéria en 1982, des décennies avant l’épidémie ouest-africaine en 2014. Ces résultats soutiennent la théorie de l’évolution virale : il faut du temps – parfois beaucoup de temps – pour faire un virus animal dangereux et transmissible entre humains.
Cela signifie également que les scientifiques ont une chance d’intervenir.
Mesurer les retombées des zoonoses
Une façon de profiter du délai d’adaptation des virus animaux à l’homme est une surveillance répétée à long terme. La mise en place d’un système d’alerte aux menaces pandémiques avec cette stratégie à l’esprit pourrait aider à détecter les virus pré-pandémiques avant qu’ils ne deviennent dangereux pour l’homme. Et le meilleur endroit pour commencer est directement à la source.
Mon équipe a travaillé avec le virologue Shi Zhengli de l’Institut de virologie de Wuhan pour développer un test d’anticorps humains pour rechercher un cousin très éloigné du SRAS-CoV-2 trouvé chez les chauves-souris. Nous avons établi la preuve d’un débordement zoonotique dans une petite enquête sérologique de 2015 dans le Yunnan, en Chine : 3 % des participants à l’étude vivant à proximité de chauves-souris porteuses de ce coronavirus de type SRAS ont été testés positifs aux anticorps. Mais il y a eu un résultat inattendu : aucun des participants à l’étude précédemment infectés n’a signalé d’effets nocifs sur la santé. Les retombées antérieures des coronavirus du SRAS – comme la première épidémie de SRAS en 2003 et le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) en 2012 – avaient causé des niveaux élevés de maladie et de décès. Celui-ci n’a rien fait de tel.
Les chercheurs ont mené une étude plus vaste dans le sud de la Chine entre 2015 et 2017. C’est une région abritant des chauves-souris connues pour être porteuses de coronavirus de type SRAS, y compris celle qui a causé la pandémie originale de SRAS de 2003 et la plus étroitement liée au SRAS-CoV-2.
Moins de 1% des participants à cette étude ont été testés positifs aux anticorps, ce qui signifie qu’ils avaient déjà été infectés par le coronavirus de type SRAS. Encore une fois, aucun d’entre eux n’a signalé d’effets négatifs sur la santé. Mais la surveillance syndromique – la même stratégie utilisée par les hôpitaux sentinelles – a révélé quelque chose d’encore plus inattendu : 5 % supplémentaires des participants de la communauté ont signalé des symptômes compatibles avec le SRAS au cours de la dernière année.
Cette étude a fait plus que simplement fournir les preuves biologiques nécessaires pour établir une preuve de concept pour mesurer les retombées zoonotiques. Le système d’alerte aux menaces pandémiques a également détecté un signal d’infection de type SRAS qui ne pouvait pas encore être détectée par des tests sanguins. Il peut même avoir détecté des variantes précoces du SRAS-CoV-2.
Si des protocoles de surveillance avaient été en place, ces résultats auraient déclenché une recherche de membres de la communauté qui auraient pu faire partie d’une épidémie non détectée. Mais sans plan établi, le signal a été manqué.
De la prédiction à la surveillance en passant par le séquençage génétique
La part du lion du financement et des efforts de prévention des pandémies au cours des deux dernières décennies s’est concentrée sur la découverte des agents pathogènes de la faune et la prévision des pandémies avant que les virus animaux ne puissent infecter les humains. Mais cette approche n’a pas prédit d’épidémies majeures de maladies zoonotiques – y compris la grippe H1N1 en 2009, le MERS en 2012, l’épidémie d’Ebola en Afrique de l’Ouest en 2014 ou la pandémie actuelle de COVID-19.
La modélisation prédictive a cependant fourni des cartes thermiques robustes des « points chauds » mondiaux où le débordement zoonotique est le plus susceptible de se produire.
Une surveillance régulière à long terme de ces « points chauds » pourrait détecter des signaux de débordement, ainsi que tout changement qui se produit au fil du temps. Ceux-ci pourraient inclure une légère augmentation du nombre d’individus positifs aux anticorps, des niveaux accrus de maladie et des changements démographiques chez les personnes infectées. Comme pour toute surveillance proactive des maladies, si un signal est détecté, une enquête sur l’éclosion suivrait. Les personnes identifiées avec des symptômes difficiles à diagnostiquer peuvent ensuite être dépistées par séquençage génétique pour caractériser et identifier de nouveaux virus.
C’est exactement ce que Greg Gray et son équipe de l’Université Duke ont fait dans leur recherche de coronavirus non découverts dans le Sarawak rural, en Malaisie, un «point chaud» connu pour les retombées zoonotiques. Huit des 301 échantillons prélevés sur des patients atteints de pneumonie hospitalisés en 2017-2018 se sont avérés avoir un coronavirus canin jamais vu auparavant chez l’homme. Le séquençage complet du génome viral a non seulement suggéré qu’il avait récemment sauté d’un hôte animal, mais qu’il abritait également la même mutation qui a rendu le SRAS et le SRAS-CoV-2 si mortels.
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Ne ratons pas le prochain signal d’avertissement de pandémie
La bonne nouvelle est que l’infrastructure de surveillance dans les « points chauds » mondiaux existe déjà. Le programme Connecting Organizations for Regional Disease Surveillance relie six réseaux régionaux de surveillance des maladies dans 28 pays. Ils ont été les pionniers de la «surveillance participative», en partenariat avec les communautés à haut risque à la fois pour les retombées zoonotiques initiales et les résultats les plus graves pour la santé afin de contribuer aux efforts de prévention.
Par exemple, le Cambodge, un pays à risque de propagation de la grippe aviaire pandémique, a mis en place une hotline nationale gratuite permettant aux membres de la communauté de signaler les maladies animales directement au ministère de la Santé en temps réel. Des approches sur le terrain comme celles-ci sont essentielles à une réponse de santé publique opportune et coordonnée pour arrêter les épidémies avant qu’elles ne deviennent des pandémies.
Il est facile de rater les signaux d’avertissement lorsque les priorités mondiales et locales sont provisoires. La même erreur ne doit pas se reproduire.
Maureen Miller, professeure agrégée auxiliaire d’épidémiologie, Université Columbia
Cet article est republié à partir de The Conversation sous une licence Creative Commons. Lire l’article original.
