Philadelphie (tca/dpa) — Le chat de 11 ans vomissait et était léthargique depuis plusieurs jours et montrait peu d’intérêt pour la nourriture.
Lorsque l’animal a été examiné à l’hôpital vétérinaire Ryan de l’Université de Pennsylvanie en septembre, son propriétaire a mentionné un indice possible des symptômes : quelqu’un dans le ménage avait le Covid-19.
L’écouvillon nasal de l’animal s’est révélé négatif. Un échantillon fécal, d’autre part, a raconté l’histoire. Le félin à poil court était infecté par la variante delta.
Les scientifiques ont maintenant trouvé le coronavirus dans 29 types d’animaux, une liste qui n’a cessé de s’allonger presque depuis le début de la pandémie et qui comprend des chats, des chiens, des furets, des hamsters, des tigres, des souris, des loutres et des hippopotames. Dans la plupart des cas, il n’a pas été démontré que les animaux transmettent le virus à l’homme.
Mais dans au moins deux cas, il semble qu’ils le puissent. Les visons ont transmis le virus aux humains, et dans une nouvelle étude canadienne, les scientifiques ont identifié une personne qui a été testée positive après un «contact étroit» non spécifié avec des cerfs de Virginie infectés.
La bonne nouvelle est qu’avec toutes les variantes connues qui ont circulé chez l’homme, les vaccins restent très efficaces pour prévenir les maladies graves. Le problème est que le virus continuant à circuler chez d’autres animaux, il pourrait accumuler des mutations qui rendraient les vaccins moins efficaces. Une surveillance accrue est essentielle.
Nous avons parlé à trois scientifiques de la signification des dernières découvertes sur les animaux : Eman Anis, professeur adjoint de microbiologie à la Penn’s School of Veterinary Medicine ; Suresh V. Kuchipudi, professeur de sciences vétérinaires et biomédicales à la Pennsylvania State University ; et Frederic Bushman, professeur de microbiologie à la Penn’s Perelman School of Medicine.
Comment trouvent-ils Covid chez les animaux ?
Dans le cas des cerfs, les scientifiques testent généralement des animaux qui ont été chassés ou tués dans des accidents de voiture.
Avec les animaux domestiques et de zoo, les tests peuvent être effectués de la même manière que chez les humains. Un échantillon prélevé avec un écouvillon nasal peut être testé comme un écouvillon humain – en utilisant la méthode de laboratoire appelée réaction en chaîne par polymérase (PCR).
La procédure exacte peut varier d’un animal à l’autre. Lorsque les vétérinaires ont testé un tigre au zoo du Bronx en avril 2020, par exemple, ils l’ont sagement endormie à l’avance.
Pour l’instant, l’American Veterinary Medical Association déconseille les tests de routine sur les animaux de compagnie, car ils ne tombent pas souvent malades avec Covid, et on ne pense pas qu’ils jouent un rôle important dans la propagation de la maladie aux humains. Mais les tests peuvent être justifiés si l’animal présente des symptômes compatibles avec Covid, ou est entré en contact étroit avec un humain infecté, selon l’association.
Les deux choses étaient vraies pour le chat de Penn. Dans une étude de cas, des vétérinaires ont écrit que les symptômes de l’animal pourraient s’expliquer en partie par une autre affection, un trouble gastro-intestinal appelé entéropathie chronique. Mais les propriétaires du chat avaient gardé cette condition sous contrôle en gérant son alimentation. Le chat n’a commencé à vomir qu’après que le membre de la famille soit tombé avec Covid, suggérant que le virus était en effet à blâmer.
Une fois que le chat a été testé positif, son échantillon a été envoyé au laboratoire de Bushman, qui a utilisé un séquenceur pour lire l’intégralité du génome du virus. Il s’agissait clairement de la variante delta et correspondait étroitement aux versions de delta également trouvées en circulation chez les habitants de la région de Philadelphie.
Pourquoi s’inquiéter Covid chez les animaux ?
Chaque fois qu’un virus fait des copies de lui-même à l’intérieur d’un nouvel hôte, il fait quelques fautes d’orthographe aléatoires dans son code génétique – des mutations. La plupart des mutations n’ont aucun impact sur l’aptitude du virus ou peuvent le rendre moins viable.
Mais de temps en temps, un ensemble de mutations améliore la capacité du microbe à se propager à d’autres cellules, et finalement sa capacité à infecter d’autres hôtes.
Avec la bonne combinaison d’attributs, un virus peut même passer d’une espèce hôte à une autre. C’est ainsi que la pandémie de Covid a commencé fin 2019, avec des chauves-souris en fer à cheval – bien qu’un débat soit en cours pour savoir si les chauves-souris ont transmis le virus aux humains sur un marché d’animaux vivants, par un accident de laboratoire ou par d’autres moyens.
Les agences de santé publique ont fait un assez bon travail de suivi des mutations virales chez les personnes infectées, tirant la sonnette d’alarme lorsqu’un ensemble de mutations inquiétantes justifie l’étiquette «variante préoccupante». Mais il y a beaucoup moins de surveillance du virus dans les populations animales, en particulier dans la nature, a déclaré Anis, microbiologiste à l’école vétérinaire de Penn.
« Cela pourrait évoluer chez des hôtes dont nous ne sommes pas au courant », a-t-elle déclaré.
Dans le cerf infecté de la nouvelle étude canadienne, le coronavirus avait développé des dizaines de mutations non trouvées dans d’autres souches, ce qui a conduit les scientifiques à le proclamer comme « très divergent ». Traduction : sur l’arbre généalogique du virus, cette lignée était sur sa propre branche – suggérant qu’elle circulait chez les cerfs et accumulait de nouvelles mutations depuis un certain temps, à l’insu de la science.
Cette lignée ne semble pas suffisamment différente pour échapper à la protection des vaccins. C’est parce que les vaccins enseignent au système immunitaire humain à reconnaître la protéine « pointe » à l’extérieur de chaque virus, alors que de nombreuses mutations dans cette version du cerf se sont produites ailleurs dans le virus.
Pourtant, nous devons garder un œil dessus, a déclaré Kuchipudi de Penn State, qui n’a pas participé à l’étude canadienne mais a fait ses propres études sur les cerfs. Alors que le virus continue de circuler chez les cerfs, d’autres mutations surgiront et nous devons être prêts au cas où.
« Il n’y a pas lieu de paniquer », a-t-il dit, « mais ce n’est pas quelque chose que nous pouvons ignorer. »
Combien d’autres astuces ce virus a-t-il en réserve ?
Au début de la pandémie, les scientifiques ont déterminé que le pic de coronavirus correspondait très étroitement aux «récepteurs» trouvés sur les cellules des voies respiratoires humaines, presque comme une correspondance entre une clé et une serrure. C’est ce qui l’a rendu si apte à pénétrer les cellules.
Cette découverte était essentielle dans le développement des vaccins. Ils apprennent au système immunitaire à fabriquer des anticorps qui se lient à la pointe, interférant avec sa capacité à pénétrer à l’intérieur d’une cellule.
Mais la menace d’un virus particulier ne se limite pas à pénétrer dans les cellules, a déclaré Bushman, le microbiologiste de Penn. D’autres segments du code génétique sont impliqués dans la fabrication de copies du virus à l’intérieur des cellules hôtes, la sortie de la cellule et le voyage d’hôte en hôte, entre autres étapes de son voyage virulent.
Viennent ensuite delta, suivi d’omicron, qui avaient tous deux acquis de nouvelles mutations qui les rendaient plus transmissibles. Les vaccins offraient toujours une bonne protection contre les maladies graves des deux souches, mais ils ont réussi à causer beaucoup de ravages.
Une théorie est que l’omicron s’est développé chez une personne immunodéprimée, évoluant plus de mutations car la personne était incapable de l’éliminer complètement. Une autre théorie est que la souche a évolué quelque part dans le monde en développement, où il y a moins de surveillance, ou qu’elle a évolué chez un animal sauvage, comme une souris.
Des combinaisons plus inquiétantes sont-elles en magasin?
« Il est difficile de prédire ce que l’évolution va apporter », a déclaré Bushman. « Le virus changera probablement de différentes manières chez différents animaux. Certains d’entre eux n’infecteront probablement pas non plus les humains. Mais la crainte est que peut-être un nouveau virus infecte bien les humains. »
La seule réponse, a-t-il dit, est de continuer à chercher.
